Коронавирус covid-19 (sars-cov-2), определение вариантов omicron и delta, рнк [реал-тайм пцр]
Анализ позволяет выявить наличие/отсутствие РНК коронавируса SARS-CoV-2 в исследуемом материале с определением генетических вариантов омикрон и дельта.
Тест позволяет с высокой точностью определить штаммы коронавируса омикрон и дельта, а также отличить один вариант от другого по характерным генетическим мутациям в гене S-белка методом полимеразной цепной реакции (ПЦР).
ПЦР является золотым стандартом диагностики COVID-19, обладает очень высокой диагностической чувствительностью – для обнаружения РНК SARS-CoV-2 достаточно минимального количества вирусных частиц в образце.
Синонимы русские
Коронавирусная инфекция, тест на ковид с определением штамма.
Синонимы английские
COVID-19 PCR test, 2023-nCoV PCR, RNA [polymerase chain reaction, PCR].
Метод исследования
Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР).
Какой биоматериал можно использовать для исследования?
Мазок из ротоглотки и носоглотки.
Как правильно подготовиться к исследованию?
- Минимум за 1 час до взятия мазков из ротоглотки (зева) не употреблять пищу, не пить, не чистить зубы, не полоскать рот/горло, не жевать жевательную резинку, не курить.
- За 3-4 часа до взятия мазков из носа/носоглотки не закапывать капли/спреи и не промывать нос.
- Исследование не выполняется анонимно, необходимо предъявить паспорт.
Общая информация об исследовании
Всемирная организация здравоохранения в январе 2020 года объявила о чрезвычайной ситуации в области здравоохранения международного значения в связи с распространением коронавируса SARS-CoV-2, который вызывает опасное инфекционное заболевание COVID-19. Все вирусы со временем претерпевают изменения, включая SARS-CoV-2. Когда вирус реплицируется, т.е. создает собственные копии, в его генетическом коде происходят изменения — мутации. Вирус с одной или несколькими новыми мутациями называется вариантом, или штаммом, исходного вируса. Большинство изменений не влияют или практически не влияют на свойства вируса. Однако некоторые изменения могут затрагивать, например, его способность к распространению, связанный с этим уровень контагиозности или эффективность вакцин, терапевтических препаратов, средств диагностики или иных медико-санитарных и социальных мер.
ВОЗ проводит мониторинг и оценку эволюции вируса SARS-CoV-2. Группы исследователей регулярно выполняют секвенирование генома вируса, вызывающего COVID-19, и размещают полученные данные в публичных базах данных, включая ГИСАИД (платформа, которая обеспечивает открытый доступ к геномным последовательностям вирусов гриппа и коронавируса и географическим данным распространения вариантов коронавируса). Такое глобальное сотрудничество позволяет ученым лучше отслеживать мутации вируса. Появление в конце 2020 года новых вариантов вируса, ставших источником повышенного риска для глобального общественного здравоохранения, подтолкнуло к ускоренному проведению классификации отдельных вариантов, вызывающих интерес (ВВИ), и вариантов, вызывающих озабоченность (ВВО). Мониторинг ситуации с распространением коронавируса по всему миру позволяет предоставлять информацию, полезную для нынешнего ведения борьбы с пандемией COVID-19.
На данном этапе применяются маркировочные буквы греческого алфавита для обозначения вариантов коронавируса SARS-CoV-2, вызывающих опасения, — «альфа», «бета», «гамма», — использование которых проще и удобнее для обсуждения в ненаучных аудиториях.
ВОЗ рекомендует всем странам по возможности более активно проводить анализ генетических последовательностей вирусного возбудителя COVID-19 и распространять данные о них для содействия друг другу в мониторинге изменяющейся пандемии и принятии ответных мер.
Вариант дельта (Delta B.1.617.2)
Впервые вариант «дельта» был обнаружен и описан в Индии в октябре 2020. В новом варианте коронавируса выявлены сразу две мутации шиповидного белка (S-белок) — той части вируса, с помощью которой он внедряется в клетки человеческого организма. Ученые выяснили, что это облегчает проникновение в организм вируса SARS-CoV-2 и таким образом способствует заражению. «Дельта» потенциально может и быстрее распространяться. Существует также риск заражения дельта-вариантом как людей, уже перенесших коронавирусную инфекцию, так и тех, кто был вакцинирован. Первоначально эту мутацию коронавируса называли «индийским вариантом». Он имеет сокращенный инкубационный период — порядка 1-3 дней. Данный вариант отличает повышенная по сравнению с другими штаммами вирусная нагрузка, и период выведения возбудителя из организма составляет 13-15 дней, в то время как для предшествующих штаммов он составляет 7-9 дней.
В июне 2021 года в Индии, а позднее и в России, был обнаружен мутировавший вариант «дельты», который известен как вариант AY.1, или «дельта плюс», который отличается наличием в S-белке мутации K417N. Эта мутация позволяет вирусу быстрее связываться с клетками легких человека и способна снижать активность антител у переболевших и вакцинированных людей. Минздрав Индии назвал три отличительных признака «дельты плюс»: повышенная контагиозность, усиленная способность связываться с рецепторами клеток легких и потенциальная устойчивость к терапии моноклональными антителами.
Вариант омикрон (Omicron B.1.1.529)
Впервые штамм Omicron был выявлен в Ботсване и Южно-Африканской Республике в конце ноября 2021 года. В настоящее время он распространился в более чем 100 странах мира. Он значительно отличается от изначального (уханьского) варианта вируса. В нем отмечено большое количество мутаций в S-белке по сравнению со штаммами «альфа», «бета», «гама» и «дельта» COVID-19. В участке гена, кодирующего рецептор связывания, произошло порядка 30 изменений — замен, делеций и вставок аминокислот. Мутации коснулись и других участков генома, ответственных за уклонение от нейтрализующих антител. Есть мнение, что «омикрон» имеет предрасположенность инфицировать ранее вакцинированных и переболевших людей, получивших первичную антигенную последовательность S-белка.
Все эти изменения генетической последовательности привели к изменению свойств вируса: он стал легче передаваться от человека к человеку. Если изначальный вирус SARS-CoV-2 имел R0 (индекс репродукции) 2-5, вариант «дельта» — около 7, то у «омикрона» R0 составляет порядка 10, что характерно для крайне заразных заболеваний. В странах, столкнувшихся с «омикроном», удвоение количества случаев заражения происходило за 2-3 дня. У «омикрона» тропность (привязанность) такая же, как и у предыдущих вариантов вируса, — к рецепторам ангиотензинпревращающего фермента 2 (AПФ2), расположенных в легких, кишечнике, сосудах. По сравнению с предыдущими вариантами, особенно с вариантом «дельта», ученые отмечают более мягкое течение заболевания у ранее переболевших и вакцинированных людей. Однако неиммунное население переносит заболевание без изменений, возможно тяжелое течение.
Позднее был обнаружен подвид «омикрон»-штамма коронавируса под названием BA.2, также известный как «стелс-омикрон», который может проявить себя похожими симптомами.
Быстрое распространение штамма «омикрон» вызывает беспокойство в связи с возможностью совместного циркулирования со штаммом «дельта». Сниженная эффективность вакцин, нестойкость иммунитета после перенесенного заболевания могут иметь серьезные последствия в появлении большого количества заболевших с непредсказуемым течением заболевания. Узнать наверняка, каким вариантом коронавируса заболел пациент, можно, сдав реал-тайм ПЦР-тест.
Для чего используется исследование?
- Быстрый и чувствительный способ диагностики коронавирусной инфекции.
- Позволяет определить штаммы коронавируса – омикрон и дельта – и отличить один вариант от другого по характерным генетическим мутациям в гене S-белка методом полимеразной цепной реакции (ПЦР).
Когда назначается исследование?
- Стандартное исследование при подозрении на ковид.
- Мониторинг эпидемиологической обстановки.
- Скрининг для выявления бессимптомных носителей инфекции.
- Контроль эпидемиологической ситуации на какой-либо территории.
Что означают результаты?
Референсные значения: отрицательный.
Причины положительного результата:
Положительный результат – выявлена РНК SARS-CoV-2. Подтверждает наличие инфекции COVID-19. Указывается выявленный штамм (омикрон или дельта).
Причины отрицательного результата:
- отсутствие коронавирусной инфекции.
Отрицательный результат – РНК SARS-CoV-2 не обнаружена.
Важные замечания
- Все пациенты, прибывшие из стран с высоким уровнем распространения COVID-19 или контактировавшие с прибывшими оттуда, а также пациенты с повышенной температурой тела и/или явными симптомами ОРВИ будут направляться для обследования согласно рекомендациям Роспотребнадзора.
- Выявление у пациента какого-либо из штаммов коронавируса в соответствии с существующими клиническими рекомендациями не влияет на тактику лечения.
- Информация о штамме не должна использоваться пациентом в отрыве от рекомендаций лечащего врача.
- Такие факторы, как наличие сопутствующих заболеваний, общее состояние организма, возраст, играют существенно большую роль в развитии тяжести болезни, чем наличие мутаций в геноме патогена, по крайней мере известных на данный момент.
- Использующиеся наборы для проведения исследования демонстрируют высокие показатели аналитической чувствительности, которые позволяют выявить РНК коронавируса даже в инкубационном периоде и у бессимптомных носителей.
Кто назначает исследование?
Инфекционист, педиатр, врач общей практики, анестезиолог-реаниматолог.
Литература